Olá João, bem vindo à comunidade,
já lêste o guia How to methodically tune (almost) any multicopter using ArduCopter 4.4.x ?
Possivelmente faltam-te alguns passos iniciais. Tem particular atenção na secção 1 e dois.
Se utilisares o software New ArduPilot methodic configurator GUI publica o .zip resultante aqui para review.